ABSTRACT: The use of molecular information in breeding programs contributed to important advances in the improvement of traits of economic interest in livestock production. The advent of single nucleotide polymorphism (SNP) panels applied to genome-wide selection (GWS) and genome-wide association studies (GWAS), along with computational advances (e.g., use of powerful software and robust analyses) allowed a better understanding of the genetic architecture of farm animals and increased the selection efficiency. In this context, the statistic method single-step GBLUP has been frequently used to perform GWS, and more recently GWAS analyses, providing accurate predictions and QTL detection, respectively. Nevertheless, in developing countries, species such as sheep and goats, whose genomic data are more difficult to be obtained, the use of data simulation has been efficient in the study of the major factors involved in the selection process, such as size of training population, density of SNP chips, and genotyping strategies. The effects of these factors are directly associated with the prediction accuracy of genomic breeding values. In this review we showed important aspects of the use of genomics in the genetic improvement of production traits of animals, the main methods currently used for prediction and estimation of molecular marker effects, the importance of data simulation for validation of those methods, as well as the advantages, challenges and limitations of the use of GWS and GWAS in the current scenario of livestock production.

RESUMO: Em programas de melhoramento genético, o uso de informações moleculares garantiu importantes avanços para a melhoria de características de interesse econômico, no âmbito da produção animal. O advento da tecnologia de painéis de SNPs aplicados à seleção genômica ampla (GWS) e associação genômica ampla (GWAS), aliado ao avanço computacional, com o uso de softwares e análises robustas, permitiram melhor compreensão sobre a arquitetura genética dos animais de produção e, consequentemente, maior eficiência na seleção. Nesse contexto, o método estatístico single-step GBLUP tem sido utilizado, frequentemente, na execução da GWS e, mais recentemente, em GWAS, possibilitando predições acuradas e detecção de QTLs, respectivamente. No entanto, em países em desenvolvimento e, em espécies como os ovinos e caprinos, que existe maior dificuldade para a aquisição de dados genômicos, o uso da simulação de dados tem se mostrado eficiente para estudar os principais fatores envolvidos no processo de seleção, como o tamanho da população de treinamento, densidade de chipde SNPs e estratégias de genotipagem, cujos efeitos estão diretamente associados à acurácia da predição de valores genéticos genômicos. Nesta revisão, serão abordados pontos importantes sobre o uso da genômica no melhoramento genético de características produtivas em animais, principais métodos de predição e estimação de efeitos de marcadores moleculares na atualidade, a importância da simulação de dados para a validação desses métodos, bem como as vantagens, os desafios e as limitações no cenário atual da produção animal com o uso da seleção e associação genômica ampla.

Resumo: O objetivo deste trabalho foi caracterizar fenotipicamente caprinos crioulos das raças Moxotó, Azul, Canindé, Repartida, Marota e Graúna, em comparação às raças exóticas Boer, Anglo Nubiana e Alpina, para identificar grupos genéticos de maior potencial para qualidade de carcaça e resistência à verminose. Dados de medidas morfométricas foram obtidos quanto à contagem de ovos de vermes por grama de fezes (OVGF), ao escore Famacha, às medidas de carcaça e ao peso corporal de 308 animais de uma fazenda no Estado do Piauí. Os caprinos Repartida apresentaram a maior média de altura de cernelha (61,55 cm) e altura de garupa (62,16 cm), e os caprinos Moxotó, o maior comprimento de orelha (13,45 cm). A raça Moxotó apresentou as maiores médias de carcaça e peso corporal. O menor peso corporal médio foi dos caprinos Azul (24,35 kg), e o menor valor de OVGF foi o dos caprinos Repartida (200 ovos por grama de fezes). Para o escore Famacha, a média foi 2,77. O método da ligação média foi o que melhor resumiu a informação dos dados morfométricos e de carcaça. O uso de medidas morfométricas e de carcaça apresentou resultados satisfatórios na caracterização fenotípica dos animais. Os caprinos crioulos, considerados resistentes à verminose e com características de carcaça de boa qualidade, poderão ser indicados para programas de conservação e melhoramento genético.

Abstract: The objective of this work was to phenotypically characterize creole goats of the Moxotó, Azul, Canindé, Repartida, Marota, and Graúna breeds, comparing them with the Boer, Anglo Nubian, and Alpine exotic breeds, to identify the genetic groups of greater potential for carcass quality and resistance to infection caused by worm. Data on morphometric measurements were obtained for the count of worm eggs in grams of feces (WEGF), Famacha score, carcass measurements, and body weight from 308 animals, in a farm in the state of Piauí, Brazil. Repartida goats showed the highest average for wither height (61.55 cm) and rump height (62.16 cm), and Moxotó goats had the greatest ear length (13.45 cm). The Moxotó breed showed the highest means for carcass and body weight. The lowest average for body weight was observed in Azul goats (24.35 kg), and the lowest WEGF was detected in Repartida goats (200 eggs per gram of feces). The average Famacha score was 2.77. Average linkage was the method that best summarized the information on the morphometric and carcass data. The use of morphometric and carcass measurements provides satisfactory results in the phenotypic characterization of the animals. The Brazilian creole goats, which are considered resistant to worm infection and show high-quality carcass traits, may be indicated for conservation and genetic breeding programs.